昆明医科大学已与27个国家的83所医学院校和机构建立了交流合作关系，与其中55所院校和机构签署了合作协议。
| 洲 | 国别 | 序号 | 交流合作院校/机构 |
| 欧洲 | 法国 | 1 | 法语大学联盟Agence Universitaire de la Francophonie |
| 3 | 路易巴斯德大学（斯特拉斯堡一大）UniversitéSciences Louis Pasteur - Strasbourg | ||
| 4 | 西方布列塔尼大学布雷斯特医学院Universitéde Bretagne Occidentale (UBO) | ||
| 5 | 巴黎第六大学 UniversitéPierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC) | ||
| 6 | 洛林大学Universitéde Lorraine | ||
| 7 | 蒙彼利埃第一大学 Universitéde Montpellier I | ||
| 8 | 法国斯特拉斯堡医学院Universitéde Strasbourg | ||
| 9 | 格勒诺布尔第三大学法语培训中心 CUEF de l’UnviersitéGrenoble III | ||
| 10 | 巴黎东克雷泰伊大学UniversitéParis-Est Créteil (France) | ||
| 英国 | 11 | 伦敦大学卫生与热带病医学院 London School of Hygiene & Tropical Medicine | |
| 12 | 英国伦敦城市大学London Metropolitan University | ||
| 13 | 英国赫特福德大学University of Hertfordshire | ||
| 14 | 英国斯旺西大学Swansea University | ||
| 瑞典 | 15 | 卡罗林斯卡学院Karolinska Institute | |
| 16 | 隆德大学Lund University | ||
| 芬兰 | 17 | 赫尔辛基城市应用科技大学 Helsinki Metropolia University of Applied Sciences | |
| 18 | 图尔库大学University of Turku | ||
| 捷克 | 19 | 帕拉斯基大学Palacky University | |
| 俄罗斯 | 20 | 莫斯科谢东诺夫国立医科大学 I.M. Sechenov First Moscow State Medical University | |
| 白俄罗斯 | 21 | 维捷布斯科国立医科大学 Vitebsk State Medical University | |
| 22 | 白俄罗斯国家技术大学BNTUБНТУ | ||
| 23 | 锡耶纳大学Universitàdegli Studi di Siena | ||
| 西班牙 | 24 | 马德里自治大学Universidad Autónoma de Madrid | |
| 25 | 加泰罗尼亚大学Universitat Politècnica de Catalunya. | ||
| 罗马尼亚 | 26 | 蒂米什省癌症中心OncoGen Timi?oara | |
| 美洲 | 美国 | 27 | 美国中华医学基金会China Medical Board |
| 28 | 雅礼协会Yale China Association | ||
| 29 | 加州大学（洛杉矶）分校 University of California, Los Angeles | ||
| 30 | 伊利诺伊大学芝加哥分校 University of Illinois at Chicago | ||
| 31 | 克瑞顿大学Creighton University | ||
| 32 | 美国加州大学伯利克利分校公共卫生学院School of Public Health，University of California，Berkeley | ||
| 33 | 耶鲁大学Yale University | ||
| 34 | 哈佛大学Harvard University | ||
| 35 | 密歇根大学University of Michigan | ||
| 36 | 佐治亚大学 University of Georgia | ||
| 37 | 杜肯大学Duquesne University | ||
| 加拿大 | 38 | 阿尔伯塔大学 University of Alberta | |
| 39 | 麦吉尔大学 McGill University | ||
| 40 | 麦克马斯特大学Mcmaster University | ||
| 41 | 不列颠哥伦比亚大学The University of British Columbia | ||
| 大洋洲 | 澳大利亚 | 42 | 西澳大利亚大学医学院 Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences,University ofWestern Australia |
| 43 | 伯内特医学研究院 Burnet Institute of Medical Research | ||
| 44 | 悉尼大学The University of Sydney | ||
| 45 | 格里菲斯大学Griffith University | ||
| 46 | 莫纳什大学Monash University | ||
| 新西兰 | 47 | 奥克兰大学University of Auckland | |
| 亚洲 | 新加坡 | 48 | 新加坡国立大学杨璐琳医学院 Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore |
| 马来西亚 | 49 | 马来亚大学University of Malaya | |
| 50 | 马来西亚理工大学Universiti Teknologi Malaysia | ||
| 51 | 砂拉越大学University Malaysia Sarawak | ||
| 印度尼西亚 | 52 | 卡渣玛达大学医学公共卫生护理学院Faculty of Medicine, Public Health and Nursing, University of Gadjah Mada | |
| 菲律宾 | 53 | 菲律宾大学医学院Faculty of Meidcine, University of the Philippines Manila | |
| 日本 | 54 | 东邦大学Toho University | |
| 55 | 宫崎大学University of Miyazaki | ||
| 56 | 大阪齿科大学Osaka Dental University | ||
| 泰国 | 57 | 玛希隆大学Mahidol University | |
| 58 | 朱拉隆功大学Chulalongkorn University | ||
| 59 | 宋卡王子大学Prince of Songkla University | ||
| 60 | 清迈大学ChiangMai University | ||
| 61 | 泰国克里斯汀大学 Christian University of Thailand | ||
| 62 | 瓦莱岚大学Walailak University | ||
| 63 | 泰国国立法政大学Thammasat University | ||
| 64 | 孔敬大学公共卫生学院Faculty of Medicine, Khon Kaen University | ||
| 65 | 皇太后大学Mae Fah Luang University | ||
| 66 | 清莱皇家大学传统医药学院Faculty of Trditional Medicine of Chiang Rai Rajabhat University | ||
| 越南 | 67 | 太原医药大学Thai Nguyen University of Medicine and Pharmacy | |
| 68 | 海防医药大学Haiphong University of Medicine and Pharmacy | ||
| 69 | 海防市越捷友好医院 Viet Tiep Hospital | ||
| 老挝 | 70 | 老挝健康科学大学 University of Health Sciences of Lao PDR | |
| 柬埔寨 | 71 | 柬埔寨健康科学大学 University of Health Sciences of Cambodia | |
| 缅甸 | 72 | 仰光第一医科大学University of Medicine 1, Yangon | |
| 73 | 曼德勒医科大学University of Medicine, Mandalay | ||
| 印度 | 74 | 中文学校The School of Chinese | |
| 尼泊尔 | 75 | 尼泊尔医学委员会Nepal Medical Council | |
| 76 | 特里布文大学Tribhuvan University | ||
| 77 | 加德满都大学Kathmandu University | ||
| 78 | 医学科学院比尔医院National Academy of Medical Sciences, Bir Hospital | ||
| 孟加拉国 | 79 | 达卡医学院Dhaka Medical College | |
| 80 | 国父医科大学 Bangabandhu Sheikh Mujib Medical University | ||
| 81 | 孟加拉红新月会 Bangladesh Red Crescent Society | ||
| 巴基斯坦 | 82 | 拉哈尔健康科学大学 University of Health Sciences, Lahore | |
| 斯里兰卡 | 83 | 科伦坡大学 University of Colombo |
