云南省公共卫生与生物安全重点实验室有以下三个重点研究方向：
研究方向1：重大传染病流行病学与统计学
开展云南省及周边地区重大传染病发病特征研究，多哨点联动、人群大数据综合，重点分析重大病毒性疾病、常见细菌性感染和地方高发寄生虫病的流行分布情况及其人群危害；运用宏基因组/宏转录组测序技术、传播网络、进化起源等分子流行病学检测分析技术，按照“传播源头-媒介-易感人群”经典流行病防控环节，针对地方流行、人群高发、跨境传入、跨种传播等重点人群，开展传染病传播规律研究；针对复杂感染、多耐药/耐多药/泛耐药等感染性疾病临床治疗难题，开展复杂感染疾病多病原联合致病特征、耐药基因位点/耐药基因分布规律研究，为感染性疾病分子诊断、精准治疗提供流行病学依据；感染人群特征、症状临床数据、宏基因序列信息、病原传播动力学，多角度数据、多层面信息统计，开展传染病危害、卫生经济学评价，为传染病防控政策的制定与现场实施提供研究依据和技术支撑。
该研究方向带头人：夏雪山，学术技术骨干：余宏杰、杨照青、冯悦、李盛安、王炳辉
研究方向2：环境、食品安全与人群健康保障
通过分析云南省全省重大环境危险因素和食物安全因素，评估其对人群安全和健康的风险，阐明云南受威胁人群的地区、时间、人群特征。利用大数据并结合分子生物学、转录组、表观遗传学等技术，发现高危人群和重点地区，发现其规律，开展有效的预防工作。运用大型病例对照、建立并追踪的高海拔地区大型自然人群队列，多个维度探索高原地区和少数民族地区自然人群常见的公共卫生风险，构建疾病风险评估及预测模型，为个性化精准防控提供科学依据。利用暴露组学、代谢组学、分子生物学生物标记物结合，聚焦我省饮水型氟中毒病区县、燃煤型氟中毒病区县、饮水型砷中毒病区县和宣威肺癌高发区，进行多角度数据、精确信息统计，研究发病环境因素、探讨发病机制，并公共卫生评价、环境污染性疾病防控政策制定提供技术支撑。营养与食品安全方面，多渠道联动，多路径发展，以云南特有食物营养、少数民族营养改善策略和食品安全与检测为研究重点、围绕我省食源性疾病监测预警机制建立，拟建立用于食源性疾病监测预警的数据库，结合我省目前覆盖全省的省、市、县、乡四级食源性疾病监测网络体系，收集用于开展食源性疾病监测预警的数据，构建绿色安全食品“基础研究-检测技术-预警网络”的全过程安全链条。
该研究方向带头人：殷建忠，学术技术骨干：闵向东、文卫华、李建云、何越峰
研究方向3：生物安全防控技术与策略
主要针对病原微生物的传染力、致病性、抗原特性、耐药性以及变异进化等特征及机制等，为生物危害的监测和新的致病微生物的识别和鉴定提供基础。依托全省主动监测和被动监测网络，整合基于二代、三代测序技术的基因分析平台、微生物质谱、生化分析和分离鉴定等技术，建立病原微生物的识别和鉴定技术平台。对病原微生物识别和溯源新技术进行开发、发展整合新的生物安全防控检测技术在全省推广。收集全省公共卫生与生物安全的数据，建立病原微生物资源数据库，建立云南省菌毒种保藏中心，为病原微生物的防控和治疗研究提供支持。基于区块链、机器学习和人工智能等技术，结合宏基因组学、生物信息学，系统进化、空间流行病学和社会网络分析方法，实现病原微生物的实时监测和溯源，提升对未知生物安全隐患的识别和应急响应能力。围绕国家和省级食品风险检测工作和突发中毒事件应急处置需求，建立生物毒素检验检测方法，建立食物中毒毒物及代谢产物的快速检测方法，开展生物毒素在生物体内残留、代谢产物及中毒机制的研究，为生物毒素中毒的治疗提供依据。针对新发疫情可能涉及新型生物安全防控设施、设备、防控用品、新型消毒产品，前瞻性的建立和研发新发疫情特殊传播途径或极端使用条件下生物安全防控检测技术，以满足应对新发疫情的需要。分析云南省生物安全建设关键问题，并对其发展策略开展研究，重视实验室安全监管工作，转变实验室管理理念，提高管理水平。
该研究方向带头人：贾曼红，学术技术骨干：陈敏、林佶、何国忠
云南省公共卫生与生物安全重点实验室以重大传染病的生物安全为核心，结合食品、环境、职业安全，全方位形成高水平的检测、防控、研究一体化的支持系统、促进人民健康。
三个方向对“面向人民健康”的支撑关系
