昆明医科大学的前身是创建于1933的云南省立东陆大学设医学专修科；1937年成立云南大学医学院；1956年独立建院；2012年更名为昆明医科大学。学校于1956年底正式成立工会组织，称昆明医学院工会基层委员会。后改称为中国教育工会昆明医学院委员会。2012年5月学校更名后，工会组织随之更名为昆明医科大学工会委员会。
在学校党委的领导下，学校工会始终坚持围绕学校中心，努力发挥党联系群众的桥梁和纽带作用，认真履行“维护、参与、教育、建设”职能，不断加强自身建设，突出维护职能，强化思想引领，充分发挥教职工在学校重大决策中民主管理、民主监督的作用，团结动员广大教职工投身学校的各项事业，为学校的建设和发展做出了应有的贡献。先后被评为全国教科文卫体系统“模范职工之家”、中华全国妇女联合会授予“巾帼文明岗”称号。
目前，学校工会拥有19个分会，会员1600余人（含编外）。学校工会设有工会委员会、经费审查委员会、女职工委员会；下设办公室、宣传教育部、权益服务部等3 个科级管理机构；有合唱团、瑜伽、羽毛球、足球、乒乓球、网球等教职工文体协会。2022年，学校成立妇联，与学校工会合署。
